Ésta es Nuestra Historia

Hacia el año 1300, la región fue poblada por tribus aztecas, quienes con procedimientos antiguos explotaron la sal de las lagunas del lugar. La fama y abundancia de la sal de Atoyac pronto se extendió entre los pueblos vecinos, provocando diversas guerras entre ellos.

Atoyac fue un pequeño núcleo de población, siendo de mayor importancia el poblado de Cuyacapán. Perteneció a Zaulán y lo conquistó Alonso de Ávalos en 1521; a partir de entonces formó parte de la Provincia de Ávalos. 

En 1524, pasó por el lugar Francisco Cortés, en 1530 Nuño de Guzmán, y en 1540, el licenciado Maldonado, enviado del virrey Antonio de Mendoza, llega a investigar, en la Provincia de Ávalos, sobre la sublevación en el cerro del Miztón.

La conquista espiritual corrió a cargo de los frailes franciscanos Juan de Padilla y Miguel de Bolonia. Estuvo sujeto a la doctrina de Tzapotlán y luego a la de Amacueca, hasta que en 1568 se construye el convento dedicado a San Juan Evangelista.

En la época de la Independencia, Atoyac tomó parte activa organizando un gran contingente de indios que se unieron a las columnas de José Antonio Torres. Entre los jefes insurgentes de este lugar figuran Francisco y Gordiano Guzmán.

En la Estadística de la Provincia de Guadalajara, que data de 1823, se menciona a Atoyac como ayuntamiento.

En marzo de 1837, Atoyac y sus pueblos pertenecen al partido de Zapotlán el Grande, Distrito de Sayula.

El 23 de febrero de 1856, el Ejecutivo Federal concedió el título de villa al pueblo de Atoyac, en consideración a los servicios prestados por sus hijos en la revolución de Ayutla.

En el decreto del 1° de mayo de 1886 ya se registra a Atoyac como municipalidad.